核酸檢測技術有諸多優點，但由于其超高的靈敏度，一旦實驗室出現核酸污染，很容易導致假陽性結果，從而影響檢測的準確性。因此了解核酸污染原因和核酸污染清除是分子檢測實驗室的工作重點。
在病毒核酸檢測過程中，常見以下幾種污染類型：①標本污染；②試劑污染；③產物污染；④設備污染；⑤其他污染。
實驗室應發現污染其解決措施：
1、標本污染：重新采樣進行檢測，評估標本前處理環節；
2、試劑污染：更換新的試劑重新檢測評估；
3、設備污染：設備整體消毒清潔、維護；
4、產物污染：全面清潔消毒實驗室、儀器設備所有實驗有關用品。
實驗室的污染不可能一次就清理干凈，需反復清理驗證，直到實驗結果能被采用為止。
在實際工作中，實驗室可能會因實驗過程的操作造成污染而導致“假陽性”。據其分析，污染來源主要有兩個方面：
其一，是擴增產物的遺留污染，在大規模核酸篩查的過程中，由于樣本量大、采取的又是“停人不停機”的連續工作方式，每輪擴增檢測之間的清潔可能不到位，同時也無法保證每個擴增管完全密閉，帶來“假陽性”的可能。
其二，檢測過程中，樣本之間可能會發生交叉污染，比如，陽性樣本或者實驗室所用的質控品污染了本來為陰性的樣本，這也會造成的“假陽性”。
除實驗室污染外，“假陽性”的出現也可能是因不規范操作所致。個別實驗室包括技術人員沒有嚴格。
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